Cheminformatics, Work

새로운 블로그를 개설했다.

Agile2Robust.com

이 블로그에서는 일과 관련된 포스팅은 거의 하지 않았었는데, agile2robust에서는 일과 관련된 글들을 좀 포스팅해볼까 한다. 한국에는 (내가 아는 한) 화학정보학이나 분자 모델링과 관련된 블로그가 거의 없는 만큼, 이러한 분류의 블로그로는 처음이 아닐까 하는 생각이 든다.

사실 여러 블로그 툴을 생각을 해 봤는데 그냥 태터툴즈로 선택했다. 사실, 이렇게 내용이 드문 블로그라면 태터툴즈를 기반으로 하고 있는 한국 블로그계에 좀 적극적으로 뛰어들어보는 것도 나쁘지 않겠다는 생각이 들었기 때문이다.

지금 이 블로그만큼 자주 포스팅이 되지는 않겠지만 최대한 자주 포스팅을 해 보도록 노력해 보자!

Computer, Work

연구를 하면서 제일 중요한 부분 중의 하나가 바로 문헌 정리이다. 자연 과학 부분의 연구자라면 (물론 인문과학자들도 마찬가지이긴 하겠지만) 누구나 나름대로 문헌 정리에 관한 노하우를 가지고 있을 것이다.

가장 일반적으로 하게 되는 방법은, 주제별로 출력된 논문을 모아두는 방법이다. 학위 과정 동안에는 특정 키워드로 검색된 모든 논문을 주기적으로 인쇄하여 모아 두었었다. 특별히 관심을 가지고 있는 부분에 대해서는 이렇게 하는 것이 나름대로 효과적이다.

특정한 분야에서 필요로 하는 논문이 아니라 일반적인 내용의 논문이라면 이렇게 정리하는 것이 좀 까다롭다. 한번쯤 읽어보면 좋을거라고 생각하고 인쇄를 해 두어도 나중에는 어떤 내용인지, 왜 인쇄를 해 두었는지 기억해내기가 어렵기 때문이다. 이런 논문들은 그냥 따로 모아두는데, 다시 읽게 되는 경우가 거의 없다는 면에서 효율적인 방법은 별로 없는 것 같았다.

최근에는 거의 모든 저널이 웹에서 접근할 수 있게 되었으므로 이전처럼 인쇄된 논문을 물리적으로 모아야 하는 필요가 많이 적어졌다. 대신에 관리에 관해서는 좀더 좋은 방법을 필요로 하게 되는 것 같다.

윈도우에서는 Endnote가 아마 가장 유명한 프로그램일 것이다. 나도 몇 번 사용해 봤지만, pdf 파일을 다루는데 있어서 좀 어려움이 있었고, 내 돈을 주고 사기는 아까왔고, 크랙된걸 쓰자니 찜찜하고 해서 거의 사용을 하지 않았다. 결국은 pdf 파일의 이름을 나름대로의 방식으로 적절하게 변경을 하고 수동으로 디렉토리를 관리하는 방법을 사용했다. 이렇게 하면 논문들을 머리 속에 넣어둘 수 있는 한계까지만 활용할 수 있고, 특히 기억이 희미해져서 검색을 해야 하는 경우에는 검색 효율이 거의 제로에 가깝게 된다. (물론 이 때 구글 데스크탑 검색과 같은 데스크탑 검색 프로그램을 쓰게 되면 검색은 좀더 용이해진다. 이 경우에는 차라리 디렉토리 구분을 하지 않는 편이 더 나을 수도 있다)

맥북으로 전향한 후에는 BibDesk라는 프로그램을 사용하고 있다. 처음에는 Devonthink같은 프로그램을 써 볼까 했지만 가격의 압박에 포기를 했고, 그 대안으로 BibDesk를 쓰게 되었다. 이 소프트웨어의 장점은

  1. 최근의 온라인 저널들은 거의 다 제공을 하고 있는 bibliography 데이터를 활용해서 정리를 할 수 있다는 점
  2. pdf 파일의 이름을 자동으로 원하는 형태로 변경시켜 준다는 점
  3. 키워드 입력을 통해 검색을 쉽게 할 수 있다는 점
  4. TeX과 integration되어 있다는 점

등이 있겠다. 물론 이런 장점들이 BibDesk만의 장점은 아니지만, 이 정도의 기능을 가진 프로그램이 무료라면 충분히 쓸만하다고 할 수 있을 것이다. 검색이 약하다는 평가를 받고 있기는 하지만, 검색의 경우 맥에서는 Spotlight라는 강력한 검색 기능에다가 구글 데스크탑을 더해서 사용하게 된다면 큰 문제는 없는 것 같다. 사실 (최소한 지금까지는) 이런 기능까지 가지 않고도 키워드만으로도 충분히 좋은 검색을 할 수 있다.

아래는 이 프로그램의 스크린샷 한 장!

BibDesk-screenshot.jpg

Computer, Work

내가 연구소에서 사용하고 있는 컴퓨터는 모두 네 대이다. 윈도우 XP가 깔린 PC 하나, 우분투가 깔린 PC 하나, 실리콘 그래픽스사의 octane 워크스테이션 하나, 그리고 까만 맥북 하나.

윈도우 XP는 일상적인 사무 및 연구용, 리눅스는 사무용 플러스 약간의 계산 및 서버용, octane은 분자 모델링 소프트웨어 구동을 위한 연구용, 그리고 맥북은 일상적인 업무 및 프리젠테이션 용으로 사용하고 있다.

이 중 우분투 PC에서 연구소의 위키를 돌리고 있다가 다른 서버로 옮겨서 이 컴퓨터를 완전한 개인용으로만 사용할 수 있게 되었고, 이에 따라 전에 사용하고 있던 edgy를 버리고 과감하게 feisty로 옮겨가기로 했다. 사실 이전 자체는 뭐라고 설명을 하거나 할 필요도 없이 너무나 간단했다. 항상 업데이트를 체크하는 프로그램에서 업그레이드를 하겠냐는 물음이 떠서 그러라고 허락을 해 준것 만으로 자기 혼자 뭔가를 열심히 하더니 (물론 중간에 한두번 OK 버튼을 누르는 정도의 일은 해야 했지만) 업그레이드를 떡 하니 마쳐놓고 말았다.

즐거운 마음으로 다시 부팅.

그런데 1600×1200 해상도가 나오지 않고 800×600 해상도로만 X가 뜨는 사태가 발생했다. 전에도 한 두번 겪어본 문제였기 때문에 기억을 되살리려고 노력을 했으나 잘 기억이 나지 않는다.

결국 몇 번의 구글링과 삽질 끝에 다음과 같은 방법으로 해상도를 제대로 잡는데 성공했다.

sudo dpkg-reconfigure -p high xserver-xorg

나름대로 적어놓고 보니, 관련 내용이 정확하게 (그리고 더 자세하게) 적혀 있는 포스트를 발견했다. 제목은 우분투 설치와 약간의 삽질 그 후. 쩝…

Life, Work

한국 바스프에서 발행하는 케미진이라는 이름의 웹진이 있다.

지난 3월 말에 이 케미진의 제작 및 운영을 맡고 있는 회사로부터 인터뷰 요청이 들어왔다. 지금까지 인터뷰 대상자들을 보면, 이름만 대면 화학 계통에서 일하고 있는 사람들이 쉽게 알 수 있는 분들이었기 때문에, 정중하게 사양을 하고 연구소 소장님을 인터뷰하는 것이 어떻겠냐는 제안도 했었다. 그런데 가능하다면 꼭 나를 인터뷰하고 싶다는 말을 해서, 그럼 인터뷰를 하기로 하였다.

인터뷰는 4월 5일에 진행이 되었고, 한 시간 정도 인터뷰를 한 후에 사진을 몇 장 찍는 것으로 마무리되었다.

도대체 어떻게 나를 알고 인터뷰를 요청하게 되었는지 물어봤는데, 저번에 나왔던 동아일보 기사를 보고 알게 되었다는 대답을 들었다.

각설하고, 이제 케미진 5월호에 인터뷰 기사가 실렸다. (이 링크를 누르면 바로 연결된다) 아내는 이 기사를 보고, “사진이 이게 뭐야“하고 말을 했는데, 내가 보기에는 뭐 그냥 있는 그대로 나온 것 같다.

분자 모델링에 관한 내용이 아주 간략하게 되어 있고, 생물학자들이 작은 유기 분자에 대한 감각이 없다거나 혹은 화학자들이 생체 고분자에 대한 감각이 없다는 말은 좀 과격하게 들릴 수도 있는 말이지만, 어쨌든 이건 간단한 인터뷰이고, 대상이 일반인라는 점을 감안하면 그다지 문제될 것은 없어 보인다.

이런 기사를 통해서 분자 모델링에 대한 이해와 관심이 좀더 늘어날 수 있다면 좋겠다.

Work

5월 1일은 (사)분자설계연구소 창립 10주년이 되는 날이었다. 1997년에 숭실대학교에서 분자설계연구센터로 시작이 되었고, 독립 사단 법인으로 인가를 받아 현재는 연세대학교 공학원에 입주해 있다.

1997년이면 한국은 IMF 사태로 인해 어려움을 겪고 있었던 시절이고, 개인적으로는 대학원 생활을 막 시작했던 때였다. 내가 98년에 분자 모델링 관련 일을 시작했을 때, 프로그램 판매 회사에서 가르쳐 주는 것을 빼고는 분자 모델링에 대한 것을 배울 수 있는 기회가 전무했었는데, 그 당시에 분자설계연구센터의 교육 과정은 이러한 어려움을 해결해 줄 수 있는 유일한 통로였다. 당시에 센터에서는 MSI(현 Accelrys사)의 소프트웨어를 이용하여 교육을 진행했고, 나는 tripos사의 소프트웨어를 쓰고 있었기 때문에, 배운 것을 직접 연구에 응용할 수는 없었지만, 결국 모델링 소프트웨어들이 비슷비슷하다는 점을 감안하면 그것만으로도 굉장히 큰 도움이 되었다.

연구비가 모자랄 수 밖에 없는 대학원 시절에는 내가 원하는 일을 하기 위해서는 많은 종류의 무료 소프트웨어를 사용해 볼 수 밖에 없었기 때문에 소프트웨어의 종류나 부실한 문서화 같은 것이 큰 문제가 되지 않는 상황이었다. 지금같으면 그렇게 하지 않겠지만, 어쩔 수 없이 했던 그런 형태의 일들이 지금에 와서는 큰 도움이 되는 것이 사실이다.

나는 그렇게 연구소와 인연을 맺기 시작했고, 연구소에서 하는 각종 심포지엄이나 워크샵 등을 통해서 많은 것들을 배워나갈 수 있었다. 박사 학위를 마치기 1년 전에는 일주일에 2~3일 정도를 할애하여 연구소의 소프트웨어를 사용하기도 하면서 지원을 받았고, 학위를 마친 이후 약 3년동안 연구소에서 근무하고 있다.

어떻게 보면 연구소의 10년은 내게 있어서 대학원 7년, 이후 3년의 근무 기간과 일치하는 기간이었고, 한 사람의 연구자로서 설 수 있도록 도와준 중요한 기회였다.

연구소 10주년 기념행사로 home-coming day를 한 것이었는데, 여기에 온 모든 사람들이 나름대로 많은 감회가 있을 것이고, 특히나 연구소를 창립하고 운영해 온 노경태 소장님께는 특별한 느낌이 있었으리라. 나도 연구소에 들어온지 3년밖에 되지 않았지만, 연구소의 10년에 대해 나름대로 특별한 감회를 느끼게 되었다.

연구소가 세계적인 연구 기관으로 성장하기 위해서는 무엇보다도 안정적인 재정 자립을 이루는 것이 중요할 것이다. 관련 법규나 여러 가지 측면에서 어렵기는 하지만, 안정적인 재정을 마련하고 장기적인 계획을 실행할 수 있는 준비가 갖추어진다면 한국에서의 역할 뿐 아니라 세계적으로 학문적인 선도 역할을 할 수 있는 기관이 되지 않을까 하는 기대를 가져본다.

Work

오늘 드디어 중국으로 출국한다. AHeDD(Asia Hub for e-Drug Discovery)의 2007년도 심포지엄이 상하이에서 열리기 때문이다. 3일간의 심포지엄과 3일간의 관광. 재미있는 시간이 될 것 같다.

Book, Work

올해의 열 아홉번째 책은 롱테일 경제학이다.

롱테일의 개념은 이제 매우 익숙한 것이 되어서 대부분의 사람들은 이 개념을 별 어려움 없이 받아들이고 있는 것으로 보인다. 결국 중요한 것은, 이렇게 사례로부터 어떤 개념이 정립되고 나면, 그 개념의 정립을 통해서 새로운 적용 사례가 나타나는 것이다. 그리고 개인적으로는 내가 일하고 있는 분야에서 이런 종류의 새로운 개념의 적용을 할 수 있는가 하는 문제가 중요하다.

롱테일 현상을 일으키는 가장 중요한 동인은 전시 비용의 감소 라고 말할 수 있다. 상품의 진열에 (거의) 비용이 들지 않는 디지털 콘텐츠 분야에서 롱테일 현상이 두드러지게 나타나는 것은 바로 이런 이유이다. 물론 이렇게 제시된 수많은 선택의 가능성으로부터 자신이 원하는 내용을 찾기 위한 검색 엔진의 중요성 은 아무리 강조해도 지나치지 않다.

신약 개발 분야에서도 이런 종류의 논리가 적용될 수 있을까? 보건의료 분야라면 분명 가능성이 있어보인다. 물리적인 공간의 한계가 있기는 하지만, 원격 진료 라는 개념이 어느 정도는 이런 한계를 뛰어넘을 수 있는 가능성을 제시할 수 있기 때문이다. 이런 종류의 생각을 하고 있는 사람이 있는지 궁금해서 구글링을 해본 결과 이 블로그를 발견할 수 있었다. 이 블로그를 읽으면서 가만히 생각을 해 보니, 우리 나라의 한약, 혹은 건강보조식품 같은 것들이 이런 범주에 속할 수 있다는 생각이 들었다.

그렇지만, 신약이라는 규제가 심한 분야로 넘어가게 되면 좀 다른 문제가 되는 것 같다. 롱테일 경제학이 풍요 라고 하는 개념 위에 서있는 것인 반면 신약 개발은 유례없는 생산성 저하 의 문제로 고민하고 있기 때문이다. 이런 문제를 해결할 수 있는 방안으로서 필요한 Scientific innovation 은 쉽게 얻기 힘든 것이기는 하지만, 데이터의 폭발, 그리고 이런 데이터의 효율적인 관리를 도와주는 화학정보학의 발전은 분명 중요한 기반을 마련하고 있다. 어쩌면, 구글이 성공하기 이전에 검색이라는 분야가 한물 간 분야처럼 생각되었던 것을 되돌아보면, 지금 우리가 한물 간 것으로 생각하는 어떤 오래된 분야에서 이런 의외의 전기가 마련될지도 모르겠다.

(덧붙이는 글) long tail과 cheminformatics를 키워드로 해서 구글링을 해 봤더니 Depth-First 블로그가 맨 위에 나타난다. 클릭을 해 봤더니, 이 블로그에 롱테일 관련 내용은 없었다. 이전부터 주의깊게 보던 블로그였으니, 내가 안 보는 사이에 갑자기 글이 올라올 리는 없었다. 결국은, 자신의 글에 longtail 태그를 많이 붙여놔서 사람들이 자신의 블로그를 쉽게 방문할 수 있도록 유도한 것이 아닐까 하는 생각이 들었다. 확인할 방법은 없지만…