며칠 전에 Journal of Chemical Information and Modeling에 재미있는 논문이 실렸다. 바로 Similarity by Compression이라는 제목의 논문이다. 제목이 암시하는 것처럼 일반적으로 사용되는 압축 프로그램인 gzip이나 bzip2를 이용해서 화합물의 canonical SMILES를 압축한 후에 그 유사도를 보는 것을 내용으로 하고 있다. 이게 재미있는게, 압축 알고리즘이 반복되는 정보의 패턴을 이용해서 저장 공간을 줄이는 것이기 때문에, canonical SMILES와 같은 [...]
사진을 찍을수도 없고… “첨단과학, 우린 그려요” 이게 웬 쌩뚱맞은 제목이란 말인가. 이 제목은 11월 27일자 동아일보 B3면에 실린 기사의 제목이다. 말이나 글, 사진만으로 설명하기 어려운 과학을 그림으로 ‘보여 주는’ 과학자들이 눈길을 끈다. 이들의 작품은 첨단 연구를 하는 데 소중하게 쓰인다. 기사에 실려있는 이 말이 이 기사를 가장 잘 설명해 주는 말일 것이다. 우리 연구소(기사에는 ‘연세대 [...]
스킨 설치법 스킨을 설치하는 것은 플러그인을 설치하는 것보다 훨씬 쉽다. http://twiki.org/cgi-bin/view/Plugins/SkinPackage 에서 여러 종류의 스킨을 찾을 수 있다. 원하는 스킨을 다운받는다. 다운받은 파일을 /home/httpd/twiki 에서 푼다. 역시 압축을 푼 후 파일의 소유권과 퍼미션이 제대로 설정되어 있는지 확인한다. 스킨이 제대로 설치되었는지 확인한다. 현재 보고 있는 페이지 주소의 맨 끝에 ?skin=blue 를 붙여주면 해당 스킨을 입힌 모습을 [...]
플러그인 설치법 플러그인들은 http://twiki.org/cgi-bin/view/Plugins/PluginPackage 에서 찾을 수 있다. (각각의 플러그인들은 해당 위키 페이지에 설치법이 잘 나와 있으므로 큰 어려움 없이 설치할 수 있다.) CalendarPlugin을 설치한다면, 해당 페이지에서 CalendarPlugin.tgz를 다운받는다. 그리고 파일 소유권을 적절히 변경해 놓는다. chown www-data.www-data /home/httpd/twiki/CalendarPlugin.tgz /home/httpd/twiki에서 다운받은 파일의 압축� 푼다. tar -zxvf /home/httpd/twiki/CalendarPlugin.tgz 이 때, 파일의 소유권이나 퍼미션이 바뀌지 않는지 잘 체크해야 [...]
TWiki 설치법 서버를 준비한다. Perl, RCS, 아파치 웹 서버가 깔려 있으면 된다. TWiki 사이트에서 최신 버전을 다운로드한다. 적당한 장소에 압축을 푼다. 여기서는 /home/httpd/twiki 에 설치하는 것으로 가정한다. tar -zxvf TWiki-4.0.4.tgz chown -R www-data.www-data /home/httpd/twiki LocalLib.cfg 파일을 설정한다. mv /home/httpd/twiki/bin/LocalLib.cfg.txt /home/httpd/twiki/bin/LocalLib.cfg vi /home/httpd/twiki/bin/LocalLib.cfg $twikiLibPath = “/path/to/lib/dir”; ==> $twikiLibPath = “/home/httpd/twiki/lib”; 웹서버 설정 파일을 준비한다. sudo cp [...]
유기화학자와 의약화학자는 실험실에서동일한 일을 한다. 유기화학자도 유기 화합물을 합성하는 일을 하고, 의약화학자 역시 유기 화합물을 합성하는 일을 한다. 그렇기 때문에 의약화학자가 되기 위해서는 반드시 유기화학의 훈련을 받아야 한다. 그러나 의약화학자는 유기화학자와는 다르게 일을 해야 한다. 일반적으로 유기화학자는 화합물의 합성 자체에 목적을 두거나 합성을 위한 방법론을 개발하는데 목적을 두고 일을 한다. 그리고 유기화학자들의 합성 대상이 되는 [...]
앞의 글에서 이야기한 바와 같이 화합물의 구조와 이와 관련된 정보를 저장하는데 많이 사용되는 포맷이 MDL의 sdf 파일이다. 특히 많은 수의 화합물을 한 파일에 저장해야 할 필요가 있을 때는 sdf 파일이 유리한 점이 많이 있다. 기본적으로 sdf는 mol 파일의 포맷과 동일한 포맷이다. 다만 여러 개의 분자를 담고 있다보니 일반적으로 사용하는 chemical drawing program에서는 다루기가 어렵고 excel과 [...]
Pipeline Pilot을 실행하다가 강제종료를 하게 되면 다시 프로그램이 제대로 실행되지 않는다. 원인은 아파치 서버가 재실행되지 않기 때문인데, 아마도 이전 프로세스와 연결되어 있던 아파치 서버가 새로 시작되는 프로세스와 연결이 제대로 되지 않는 것 같다.게다가 윈도우의 서비스 재시작을 사용해도 제대로 재시작이 되지 않는다. 분명 저번에도 이런 일이 있었고, 이벤트 로그도 뒤지고 여러 가지로 고민을 하다가 문제를 해결했던 [...]
다량의 화합물을 일일이 손으로 그림을 그리고 있는 것은 참 따분한 일이다. 수십개 수준이라면 어떻게 해 볼 수 있겠지만, 작용기를 세 개 가지고 있고 각각의 작용기에 20개의 가능한 치환기가 있다면 이것만으로도 8000개의 화합물이 된다. 이 많은 화합물을 손으로 그린다는 것은 당연히 불가능한 일이다. 조합화학이 발전하면서 이런 종류의 일들이 실제로 많이 필요하게 되었고 따라서 이를 위한 방법들도 [...]
DSVisualizer on linux Originally uploaded by lordmiss. 내 경우에 리눅스를 주 데스크탑으로 사용하지 못하는 이유 중에서 가장 큰 것이 바로 molecular visualizer 프로그램의 문제이다. 물론 리눅스에서도 PyMol이라는 멋진 프로그램을 쓸 수 있고, 이 프로그램이 윈도우에서도 동일하게 작동하기 때문에 좋기는 하지만, 여전히 사용 방법이 불편하고 직관적이지 않은 것은 분명하다. 그래서 지금까지는 DSViewer Pro를 사용해 왔고, 이걸 [...]
